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O documento de doação apontava as seguintes obrigações dos capitães donatários: fundar vilas e implantar fazendas, tornar as terras produtivas e lucrativas, além de defendê-las contra os povos estrangeiros ou nativos que se opusessem aos interesses da Coroa Portuguesa.
Mas Jorge de Figueredo não saiu da corte para tomar posse da capitania e designou Francisco Romero como seu representante, que desembarcou na Ilha de Tinharé com cerca de 250 homens para iniciar a exploração das terras. Logo encontraram outro lugar, mais ao sul, que ficava em uma península, entre quatro ilhéus e desaguadouro de rios no mar. Local que possibilitava fáceis ações de defesa e excelente ancoradouro. Ali fundaram a Vila de São Jorge, que se tornou sede da Capitania.
Apesar de muito rico, Jorge de Figueredo associou-se a outras pessoas influentes para investir na produção de açúcar. Assim, em 1537, distribuiu 03 sesmarias, sendo uma delas de Mem de Sá, localizada às margens do rio Santana. Ali ergueu-se um engenho de açúcar de grande porte, movido a energia hidráulica e utilizando extensa mão de obra escrava. Sua capacidade de produção chegava a 10 mil arrobas de açúcar por ano.
O Engenho de Santana foi o centro econômico da Capitania durante séculos, sendo considerado um modelo para os fazendeiros da região.
As estratégias de dominação e utilização dos indígenas para o trabalho nos engenhos causaram diversos levantes e fugas dos Tupiniquim e Aimoré que habitavam a região. Em 1559 o próprio Mem de Sá comandou o exército que atacou os índios rebelados. Jesuítas foram enviados pela coroa portuguesa para catequizá-los como forma de “pacificação”, mas as revoltas continuaram.
Mem de Sá faleceu em 1572, deixando suas terras para a filha Felipa de Sá que se casou com Dom Fernando de Noronha (Conde de Linhares). Felipa morreu em 1618 e, sem herdeiros, deixou seus bens ao Colégio de Santo Antão de Lisboa.
De 1618 a 1759, o Engenho de Santana passou a funcionar sob os cuidados dos padres de Ilhéus e Lisboa, que adquiriram escravos africanos e recuperaram o prestígio do engenho.
Em 1759, o governo português expulsa os padres jesuítas e o engenho é posteriormente arrematado em leilão público pelo Provedor da Casa da Moeda da Bahia, Manuel da Silva Ferreira.
Em 1789 ocorreu uma histórica luta de escravos no Engenho de Santana, os mesmos se rebelaram, paralisando a produção por dois anos. Sendo assim, o governo enviou uma expedição militar para debelar a revolta, e quando foram atacados, os escravos escreveram um tratado de paz, objetivando negociar as condições para voltar ao trabalho.